近年来，赣州财政持续推进东江流域生态环境保护，多举措并举推进东江流域生态环境保护，源区生态环境问题得到明显改善，东江水质持续稳定并逐步改善。首轮东江流域上下游横向生态补偿试点四年来，已累计投入资金33亿元。
　　一是科学规划，精心编制实施方案。聘请原环保部华南所对流域内环境现状进行调查和评估，针对东江源区生态环境保护存在水质维稳压力较大、生态环境较为脆弱、环境保护基础设施滞后、流域环境监管能力不足等问题，编制《东江流域生态环境保护和治理实施方案》。规划设计污染治理、生态修复、水源地保护、水土流失治理和环境监管能力等五个方面的重点工程建设，共计79个项目。
　　二是健全制度，规范项目管理与考核。制定了《赣州市东江流域生态补偿项目管理暂行办法》、《赣州市东江流域生态补偿资金暂行办法》、《东江流域水质考核断面监测方案》、《赣州市东江流域县级水质考核管理暂行办法》等系列制度，从项目的申报、资金的分配、项目的实施及考核等多方面对水环境治理项目实施的全方位、全过程、全覆盖进行监管，做到有章可循，用制度管事。
　　三是结果导向，强化绩效考核结果的运用。补偿资金除按流域面积、水量大小、治理任务等因素进行基础性分配外，还另行切块安排资金总量的20%作为绩效奖励，对五个流域县按照赣州市出台的《关于全面实施预算绩效管理的实施意见》，聘请第三方独立机构进行绩效评价，绩效评价包括资金到位情况、资金支出进度、资金管理、目标任务完成、补偿机制运行、环境质量、社会效益、群众满意度等。评价结果作为分配绩效奖励资金的重要依据，奖优罚劣，进一步提高财政资源配置效率和使用效益，突出结果导向。