2011年4月，省水利厅，省财政厅联合组织了12个检查组，对全省第一、二批实施的30个中小河流治理项目的工程进度和资金使用管理情况进行了检查。总体上看，地方各级政府高度重视中小河流治理工作，各级水利、财政部门积极采取措施加快项目建设，加强专项资金管理，取得了明显成效，但仍有少数地方存在项目进展缓慢、资金使用不规范等问题。这次检查中发现的主要问题有：部分项目工程进度滞后，部分项目未严格执行基建程序，违规使用专项资金，会计核算不规范，虚高上报月报等。
    文件对检查中发现的问题提出了具体整改意见：对工程进度滞后的各地要进一步加强领导，确保工程各项目建设任务按计划保值保量完成，尚未完工的项目要在确保度汛安全和施工质量的前提下抓紧施工；对违规使用的专项资金，各县（市）自筹资金归还；对会计核算不规范的，由区市、项目县财政局及时指导督促项目单位，严格按照基建财务管理规定进行账务处理，规范会计核算，加强财务管理基础工作；对虚报月报的，由区市、项目县财政局严格审核把关，按实际情况进行调整，并按要求及时、准确上报。文件同时要求各地于2011年6月30日前将问题整改情况联合上报省水利厅、省财政厅，并要求进一步强化项目建设管理。