为鼓励地方早治、快治、治出成效、早日完成规划任务，《实施细则》从专项资金奖补原则和标准、专项资金的下达和使用、项目前期与工程建设管理、工程验收、监督管理等方面做了详细要求。专项资金要专款专用，中央专项资金主要用于堤防、护岸护坡、清淤疏浚等工程建设的材料费、设备费和施工作业费等，不得用于移民征地、城市建设和景观、交通工具和办公设备购置、以及楼堂馆所建设等支出。专项资金实行项目推进、先建后补、以奖促治，做到资金到县、任务到县和责任到县，争取安排一批、建设一批、发挥效益一批。